A continuación se detallan los objetivos de las tres líneas de investigación del CIESTAAM, las cuales estructuran las líneas curriculares del Doctorado en Problemas Económico Agroindustriales y del Programa Educativo de la Maestría en Estrategia Agroempresarial, tanto en sus orientaciones en Ciencias como Profesional.

1. Análisis de sistemas agroindustriales

Esta línea de investigación busca analizar la compleja relación entre agricultura e industria, tanto desde el tradicional enfoque de cadenas agroindustriales, o sistema-producto, como desde nuevas perspectivas como el enfoque de la escuela francesa orientado al estudio de los Sistemas Productivos Locales (SPL), Sistemas Agroalimentarios Localizados (SIAL) y clústeres.

Se considera objeto de estudio a las cadenas o sistemas agroindustriales, las agroindustrias rurales, los Sistemas Agroalimentarios Localizados (SIAL), los procesos de calidad relacionados con el producto y el territorio, las relaciones entre actores, el turismo rural, y las nuevas formas de inserción al mercado de los productores de bajos ingresos. Los objetivos generales de la Línea se enuncian a continuación:

• Analizar la relación agricultura-industria-mercado a través de diversas metodologías para proponer alternativas de fortalecimiento a los sistemas agroindustriales.
• Generar investigación de vanguardia para fortalecer la competitividad de los sistemas agroindustriales del país, principalmente los de importancia local.
• Formar profesionales a nivel de posgrado, capaces de diseñar y proponer alternativas de solución innovadoras para contribuir a resolver la compleja y diversa problemática que se presenta en la relación agricultura-industria-mercado.

2. Ciencia, sociedad, tecnología e innovación en el sector rural.

En esta línea de investigación se concibe la realización de investigaciones de la ciencia en acción, como un proceso de construcción social dinámico, complejo, de largo plazo y en donde se incluyen, como parte del análisis, múltiples actores y sus mecanismos tanto para la cooperación como para la gestión de conflictos. La línea de investigación se estructura en torno al cumplimiento de los siguientes objetivos generales:

• Desarrollar investigación multidisciplinaria de alto impacto en materia de gestión de la innovación, para proponer acciones de mejora en redes de valor agroalimentarias.
• Diseñar, poner en marcha gestionar, operar y evaluar estrategias y políticas de intervención en las redes de valor agroalimentarias con base en la metodología de redes sociales, para planear el posicionamiento competitivo de las empresas rurales y de las redes de valor.
• Evaluar el desempeño de los sistemas de innovación nacionales, regionales y sectoriales relacionados con el sector agropecuario y rural para proponer áreas de mejora en el diseño de políticas públicas.
• Formar recursos humanos especializados en gestión del conocimiento y la innovación para contribuir al desarrollo sustentable de los territorios rurales.
  Desarrollar indicadores para medir el desempeño de proyectos, planes, estrategias y políticas públicas relacionadas con la gestión de la innovación en el sector agroalimentario y rural.

3. Diseño y evaluación de políticas públicas para el desarrollo rural

• Esta línea tiene como eje rector el estudio de la política macroeconómica nacional e internacional y sus efectos en el sector rural mexicano con los objetivos siguientes:
• Formar recursos humanos para diseñar, operar y evaluar las políticas y programas de desarrollo rural.
• Evaluar las políticas y programas de desarrollo agrícola y rural bajo un enfoque multidimensional para proponer áreas de mejora en su diseño y operación.
• Analizar los procesos de instrumentación de políticas públicas de manera diferenciada para diseñar mecanismos de asignación de recursos con base a criterios robustos.
• Desarrollar metodologías para evaluar las políticas públicas para y mejorar su diseño y operación.