El CIESTAAM, desde su creación hace más de veinte años, realiza estudios y servicios a diferentes sectores de la sociedad a través de diversas instituciones que apoyan al sector rural como SAGARPA, FIRCO, INCA-Rural, FIRA, INIFAP, CP; e instituciones de educación superior. Durante los últimos tres años se han signado más de 15 convenios de colaboración, con un monto de captación para la universidad y particularmente para el CIESTAAM de alrededor de 40 millones de pesos. Destacan por su importancia los convenios de cooperación interinstitucional con el Instituto de Ciencias Agropecuarias y Rurales (ICAR) de la  Universidad Autonóma del Estado de México (UAEM), Colegio de Postgraduados-Campus Montecillos (CP), Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM),  Instituto Politécnico Nacional (IPN-CIIEMAD), Centre de Coopération internationale en recherche agronomique pour le développment (CIRAD) Francia, Groupement d'Intéret scientifique Systemes Agroalimentaires Localisés (Gis SYAL) Francia, Laboratoire d'Etudes et de Recherche sur I'Economie, les Politiques et les Systémes Sociaux (LEREPS) de Toulouse Francia, Centro de Ciencias Humanas y Sociales de Madrid del Consejo Superior de Investigaciones Científicas, España; Instituto Interamericano de Cooperación para la Agricultura (IICA) oficina de México; todo lo anterior mediante la conformación de la red científica en Sistemas Agroalimentarios Localizados (Red SIAL México Europa proyecto FONCCICYT 93075). En 2008 se firmó el convenio de colaboración con el Centro Internacional de Estudios Superiores en Ciencias Agronómicas de Montpellier, Francia, para organizar y desarrollar proyectos y actividades de interés para ambas instituciones. En los últimos años la UACh-CIESTAAM emprendió grandes acciones de vinculación como la sensibilización de las autoridades de SAGARPA y de los gobiernos de los Estados a fin de impulsar un proceso de desarrollo de capacidades orientadas a la gestión estratégica de la innovación en las cadenas agroalimentarias, con base a la experiencia obtenida con la Fundación Produce Michoacán y la FAO; de la evaluación de los servicios profesionales en 17 Estados de la república, se diseñó la figura de Agencias para la Gestión de la Innovación (AGIs). Estas agencias son entidades prestadoras de servicios profesionales de carácter público o privado y cuya misión es aplicar las metodologías generadas y validadas por la UACh-CIESTAAM, actuando articuladamente para constituir una red de AGIs autónoma del gobierno pero con financiamiento. Esta estrategia inició en 2007 con la participación directa de dos investigadores del posgrado, tres egresados y un alumno del doctorado, logrando convenir con SAGARPA y con diez gobiernos estatales el financiamiento de 20 AGIs en nueve cadenas agroalimentarias. Actualmente se tiene una cobertura de 39 AGIs en 13 Estados de la república y la participación de 171 Prestadores de Servicios Profesionales. Con el esquema anterior en 2009 se firmó el convenio de colaboración SAGARPA-FIRCO y complementado en 2010 con el INCA-Rural, para apoyar al proyecto estratégico para el desarrollo rural sustentable de la región sur-sureste de México -trópico húmedo-, mediante la asistencia técnica a cultivos perenes, a través de equipos técnicos especialistas en gestión de la innovación, formándose 24 AGIs en 5 Estados del sur-sureste, y donde están participando los alumnos que ingresaron a la maestría en agosto de 2010. En 2010 se firmó un contrato de prestación de servicios con FIRA-BANCO DE MÉXICO, para realizar consultoría técnica para la promoción, coordinación institucional, operación, supervisión, seguimiento y control de actividades y empresas apoyadas con recursos del programa PROFERTIL-FONAGA para incrementar la productividad de caña de azúcar. Otros convenios de colaboración para supervisar y evaluar la calidad de los servicios de asistencia técnica y capacitación en diferentes Estados se han suscrito por la Universidades de Nayarit, Colima y Guadalajara, también con el INCA-Rural, CP e INIFAP.